Bujnowo ma nieco inną historię niż większość wsi w gminie Wyszki. Dominują tu niewielkie wioski - dawne zaścianki szlacheckie. Natomiast Bujnowo było wsią królewską, chłopską, zamieszkałą pierwotnie przez liczne grono prawosławnych, potem unitów. Takie wsie z reguły do tej pory są większe. Bujnowo należało do królewskiego starostwa brańskiego.
Obszar Bujnowa został zapewne zamieszkały już wcześniej, jednak właściwy rozwój wsi rozpoczął się w pierwszej połowie XVI wieku, za czasów królowej Bony. Ta energiczna Włoszka nie była „salonową królową”, lecz niezwykle przedsiębiorczą kobietą, która osobiście udawała się w teren i dbała o rozwój dóbr królewskich. To właśnie ona odbudowała tutejsze zaniedbane dobra, które na jej cześć nazwano Bonowem, z czasem nazwa zmieniała się na współczesną. Zamieszkało tutaj początkowo 10 chłopów (osadników), lecz wobec szybkiego rozwoju wsi, utworzono dodatkowe 10 gospodarstw (przed 1558 rokiem).
W dokumencie z 1550 roku lokującym szpital w Brańsku wspomina się właśnie o odbudowanym folwarku Bonów, który miał obowiązek wspomagać szpital. Jest to pierwsza wzmianka o istnieniu tej wsi. W 1558 roku z okazji przejęcia starostwa brańskiego przez Krzysztofa Olędzkiego sporządzono inwentarz tych dóbr. Obszar upraw we wsi (użytkowanych przez chłopów) wynosił około 9 włók (1 włóka ok. 16-17 ha). Dodatkowo istniał tu folwark korzystający z pracy najemnej chłopów oraz ze służby folwarcznej. Uprawiano głównie żyto, którego nadwyżki eksportowano poprzez Nur do Gdańska.
W latach 1560-1561 przeprowadzono tutaj pomiary uprawianej ziemi (pomiara włóczna). Zlikwidowano mozaiki gruntowe, wprowadzono podział na 3 pola, z których jedno było przeznaczone pod zboża jare, drugie pod ozime, trzecie było ugorem. Co roku zmieniano przeznaczenie pól. W 1562 roku dokładnie wymierzono obszar pól bujnowskich i sporządzono ich rejestr. Ustalono wtedy obszar folwarku na 35 włók. Wysiedlono bojarów Szpaków w nowe miejsce, a ich dawne ziemie nazwane Zaolszewo (dziś Abramiki) przekazano mieszkańcom wsi.
Pomiara włóczna z tamtych miała wielkie znaczenie dla wsi i jej ustalenia dotyczą tej miejscowości aż do dnia dzisiejszego. Na przykład wytyczone wtedy główne drogi we wsi istnieją do dziś w takim samym kształcie. Po pomiarach we wsi, grunty orne folwarku zajmowały obszar 68% całkowitej powierzchni wsi. Ustalono wtedy obszar pod sadzawkę, pod ogrody warzywne. Wytyczono też grunty chłopskie, których było 17 wzdłuż głównej drogi oraz 3 w pobliżu dawnego dworu, w miejscu zwanym obecnie Łubinek. Chłopi mieli obowiązek pracy po 2 dni w roku na polach folwarcznych. Już wtedy powstał we wsi młyn, którego pozostałości widać do dnia dzisiejszego i zachowała się nazwa Młynisko. Istniał tu niewielki zalew na rzece Bronce, zbudowany na potrzeby młyna. Młyn ten użytkował niejaki Waśko Puchacz i stąd właśnie wzięła się późniejsza nazwa tego obszaru - Puchacze.
Zarówno królowa Bona jak i Zygmunt August traktowali starostwo brańskie jako swe dobra dziedziczne, którymi mogli dowolnie dysponować, np. zastawiać lub nawet sprzedać wedle swego uznania. Po śmierci Zygmunta Augusta (1572) dobra podlaskie, w tym i starostwo brańskie, utraciły charakter własności osobistej królów i stały się dobrem państwowym.
Na przełomie XVI i XVII wieku mieszkańcy wsi popadli w konflikt z ówczesnym dzierżawcą starostwa Janem Leśniowolskim. Dzierżawcy chcąc zwiększyć swoje dochody wymagali coraz więcej, natomiast chłopi swoje prawa i obowiązki mieli zapisane w lustracjach i dokumentach, niejednokrotnie wystawionych przez kancelarię królewską. Dzierżawca wymyślał nowe obowiązki, takie jak podwody, stróże, kądzielne itp., o których nie było mowy w przywilejach. Celowała w tym głównie żona Jana Leśniowolskiego, która opornych chłopów kazała osadzać w więzieniu i stosowała różne kary. Jednak chłopi królewscy mogli odwoływać się do sądów królewskich i tak też się stało na początku 1599 roku. Sąd referendarski, który zajął się sprawą przyznał chłopom rację (maj 1599) i nakazał starościnie zostawić ich „w pokoju od więzienia i gwałtów”. Był to jednak czas upadku władzy królewskiej i chłopi, którzy cieszyli się z korzystnego wyroku, na miejscu spotkali się z karami i brakiem respektowania wyroku sądu przez Leśniowolską. Mieszkańcy Bujnowa i innych wsi, nie mając innego wyjścia, znowu udali się do sądu i ten przysłał specjalną komisję, lecz starościna umiała się sobie z komisją poradzić, przekupując ją i podstawiając różnych świadków. Wyrok komisji z sierpnia 1599 przyznawał rację Leśniowolskiej. Pozwolono zwiększyć wymiar pańszczyzny i czynszów oraz zobowiązano chłopów do różnych dodatkowych powinności. W dniu dnia 31 sierpnia 1599 roku Jan Leśniowolski zawarł z mieszczanami Brańska oraz chłopami ze starostwa brańskiego umowę, co do powinności mieszczańskich i chłopskich. Oba dokumenty zaaprobował Mateusz Pstrokoński, urzędnik królewski, „na własne króla Jego Mości rozkazanie” (Zygmunt III Waza). W dokumencie dotyczącym chłopów czytamy: „Potym między sioły, (...) które na osadzie są, strony czynszów i podatków oddawania, wybrańca, szkut prowadzenia, podwód, przędziwa, plewidła, gorzałki aprobujemy, warzenia piwa także i potwierdzamy dekret komisarzów naszych. (....) Z strony robót aprobujemy z tą poprawą, że 4 dni do tego komisarze co naznaczyli, przydajemy, taż że teraz 10 dni do roku robić będą”. Jak widać, miejscowym chłopom przybywało pracy, od tej pory mieli pracować już 10 dni w roku. Wiązało się to z intensywnym wykorzystaniem folwarku i wysyłaniem zboża na eksport do Gdańska i dalej do Zachodniej Europy.
Przez następne trzydzieści lat brak jest danych o konfliktach społecznych. Chłopi musieli się pogodzić z tymi wyrokami, byli kompletnie bezsilni. W 1622 roku starostą i dzierżawcą został Adam Leśniowolski i właśnie za jego czasów doszło do kolejnych konfliktów. W 1635 roku do sądu wpłynęła skarga Adama Leśniowolskiego na swoich chłopów, którzy „pańszczyzny nie odrabiają, czynszów nie oddają, a na koniec, iż się z posłuszeństwa i poddaństwa wyłamują i na sługi urodzonego starosty targają”. Powodem tego był fakt, że Adam Leśniowolski zaczął wymagać pracy 1 dzień w tygodniu, co dawało rocznie 52 dni. Wobec 10 dni do tej pory, był to więc 5 - krotny wzrost obciążeń wśród chłopów czynszowych. Dodatkowo starosta nakazywał kupowanie pewnych produktów tylko u niego, oczywiście po wyższych cenach niż rynkowe. Starosta próbował w różny sposób osłabić opór chłopski. Zamykano buntowników w gąsiorze, w więzieniu. Zabierano im woły, krowy, konie. Chłopi broniąc się poranili ludzi starosty i dlatego ten złożył na nich skargę w sądzie referendarskim. Było to również przyznanie się starosty do klęski, chciał on bowiem uzyskać pomoc wojskową dla stłumienia buntu, gdyż jego ludzie nie dawali sobie rady z chłopami. Do zbadania sprawy wyznaczono komisję złożoną z księdza z Brańska i szlachciców: Wojciecha Kostro i Wojciecha Kuleszy. Wyżej wymienieni szlachcice nie chcąc wchodzić w konflikt z bogatym i wpływowym Leśniowolskim wzięli jego stronę i przyznali mu rację wyrokiem sądowym. Chłopi nie chcieli uznać wyroku i sami wnieśli skargę na starostę. Nowa rozprawa odbyła się w 1637 roku i znowu wyznaczono komisję. Tymczasem Leśniowolski zebrał grupę „bezrobotnych” młodych szlachciców z okolic Nowych Piekut i Jabłoni i rozpoczął terroryzowanie chłopów. Na przykład, gdy pewien młynarz odmawiał pracy pańszczyźnianej, pokazując przywileje królewskie, ludzie starosty siłą mu odebrali dokumenty i zmusili do pracy.
Chłopi jednak nie pozostali bierni, na całym Podlasiu i na Rusi szerzył się w tym czasie ruch chłopski wymierzony przeciw szlachcie. Rozpoczęły się tajne narady chłopskiew tej okolicy i uzbrojeni chłopi sami napadali na ludzi starosty. Sądy referendarskie w tym czasie wielokrotnie zajmowały się starostwem brańskim, skargi składały jedna i druga strona. Sądy stawały po stronie starosty i ten coraz śmielej sobie poczynał. Jego ludzie więzili chłopów i „na rynku [w Brańsku] rózgami osieczono” buntowników. Zabierano im dobytek. Pozornie chłopi zaczęli się zgadzać na wymagania starosty, ale rozszerzył się ruch spiskowy. Przewodzili im chłopi z Oleksina, którzy najwięcej stracili na wzroście obciążeń. Jak pisano „Po karczmach lub też nawet po domach prywatnych zbierali się chłopi brańscy i przy specjalnie święconych woskowych świecach obierali przywódców ruchu oraz zaprzysięgali sobie wzajemną pomoc”. Starosta brański w ten sposób później to opisywał: „oni tajemną i buntowną namową między sobą uczyniwszy i spólnie się, aby jeden drugiego do gardła nie wydawał sprzysięgłszy marszałki sobie obierają i przy świecy woskowej wszyscy się zaprzysięgają”.
Ta tajna organizacja chłopska pod wodzą chłopów z Oleksina zyskała wielkie poparcie wśród chłopów w starostwie brańskim, ale też wśród mieszkańców innych wsi królewskich na Podlasiu. Doszło do sytuacji, że to właśnie ta organizacja decydowała o wielu sprawach w dobrach królewskich. Na przykład o wymiarze pańszczyzny, na zwoływane przez nią „gromady” tłumnie przychodzili chłopi i wspólnie radzili. Gdy zebranie ogłosiła władza starościńska nikt nie przychodził. Kiedy ludzie starosty próbowali interweniować na którejś wsi, to chłopi „armatno z rusznicami, kosadmi, oszczepami wychodząc zmuszali do ucieczki dworskich najmitów”. Zatem był to tajny ruch samoobrony wiejskiej, lecz brakowało większych celów. Chłopi z Oleksina nawet sami dokonali nowego podziału ziemi w tej wsi bez konsultacji z dworem, a gdy dwór interweniował doszło do starcia zbrojnego. Dopiero ogłoszone pospolite ruszenie z okolicznych zaścianków szlacheckich stłumiło opór chłopów. Przeciw nim stanęły też sądy referendarskie, przywódcy buntu dostali wyrok: półroczną pracę w kajdanach we dworze brańskim.
W 1653 roku nowym starostą brańskim został Bogusław Radziwiłł (do 1669), znany z kart powieści „Potop” i filmu pod tym samym tytułem. Rzeczywiście stanął on po stronie Szwedów w czasie wojny 1655-1660. W czasie tej wojny wsie starostwa brańskiego ucierpiały podwójnie, ponieważ wojska wierne królowi doszczętnie zniszczyły wsie użytkowane przez zdrajcę Radziwiłła, a swoje dołożyli też Szwedzi i ich sprzymierzeńcy.
W 1657 roku Bujnowo zostało wydzielone z dóbr starostwa brańskiego i oddane w trzyletnią dzierżawę na rzecz Heleny z Niemiryczów Lubienieckiej. Była to znana arianka i to właśnie za jej czasów dwór bujnowski stał się schronieniem wielu arian, których zaczęto wtedy prześladować w Polsce. W lutym 1659 roku odbył się nawet tutaj ślub córki znanego ariańskiego pisarza i filozofa Samuela Przypkowskiego.
Po ciężkich czasach wojny szwedzkiej (potopu szwedzkiego) nastał jeszcze najazd wojsk siedmiogrodzkich i wojsk moskiewskich. W końcu 1659 roku wojska moskiewskie pod wodzą Iwana Chowańskiego złupiły Bujnowo. Po tym wszystkim jeden z tutejszych urzędników pisał w dniu 23 lipca 1663 roku: „Wiem, że w starostwie brańskim całym bodaj 10 par wołów zostało bom słyszał, że w kilku wioskach i jednego bydlęcia nie masz (....). Od chłopów nie ma już co wziąć (....). Taki był obraz strat po potopie szwedzkim. Ludność Podlasia spadła o połowę a „największy ubytek ludności miał miejsce w dobrach królewskich, który nie oszczędzały ani własne ani obce wojska”. W dobrach królewskich według obliczeń J. Topolskiego ubyło prawie 70% stanu ludności sprzed 1655 roku. Szacuje się, że 90% areałów nie było obsiewanych. Była to największa katastrofa w dotychczasowych dziejach Polski. Nawet II wojna światowa nie spowodowała tak wielkich zniszczeń w Polsce, jak owa wojna z połowy XVII stulecia. Co ciekawe, sam Radziwiłł nie poniósł żadnej kary za swoje przewinienia, ale chłopi z jego dóbr wyginęli prawie całkowicie, często właśnie z jego powodu. Po tym wszystkim starostwo brańskie przedstawiano jako „pustynię”. Nie trudno się domyślić, że duże straty poniosła gospodarka starościńska, jednak starostą pozostawał właśnie Bogusław Radziwiłł. Był znany z życia w luksusie, więc chciał jak najszybciej podnieść dochodowość starostwa kosztem ludności. Największą uciążliwością był obowiązek dostarczania podwód przez chłopów, zmuszano do tego również wybrańców, czyli chłopów zwolnionych z tego obowiązku przywilejem królewskim. Chłopi skarżyli się na to lustratorom królewskim w 1664 roku. Mówili oni, że „przeciwko prawom z każdej chałupy na podwodę nurską wyganiają”. Chłopi mieli tu obowiązek dwa razy w roku dostarczenia podwód nad Bug i Narwie z włóki ziemi, jednak już w 1654 roku Bogusław Radziwiłł uzyskał w Warszawie pozwolenie na obowiązek dostarczenia kolejnych 18 podwód rocznie do Warszawy i Królewca. Było to duże obciążenie dla chłopów, ponieważ dni stracone na podwody nie były potrącane z dni obowiązkowych pańszczyzny.
Bogusław Radziwiłł był starostą brańskim, lecz poszczególne folwarku dzierżawił różnym szlachcicom. Tak też było w Bujnowie, rządzili tu jego protegowani. Wieś bardzo powoli dźwigała się ze zniszczeń. W 1664 roku nawet dwór bujnowski był nie w pełni odbudowany. W tym czasie mieszkało we wsi 14 rodzin chłopskich, uprawiali oni mniejsze areały ziemi niż przed wojną, lecz ich obowiązki względem dworu wzrosły do 3 dni pracy w tygodniu. Płacili też dodatkowo po 8 groszy rocznie i oddawali po jeden kurze na rzecz dworu. W tym czasie nadal istniał tu młyn użytkowany przez rodzinę Puchaczów. Chłopi z tej wsi oddawali też część swoich dochodów na szpital w Brańsku (od połowy XVI wieku). Według historyków w 1664 roku w Bujnowie gościł przez jakiś czas sam książę Bogusław Radziwiłł.
W latach sześćdziesiątych XVIII wieku kraj pogrążał się w anarchii. Kolejne sejmy nie dochodziły do skutku, były zrywane przez „liberum veto” i nie uchwalano podatków na wojsko, w związku z tym nie opłacane wojsko stacjonowało w dobrach królewskich, żywiąc się kosztem królewskich poddanych. Tak też było w starostwie brańskim.
W tych latach rozpoczęto zasiedlanie obszaru na północno-zachodnich krańcach wsi zwanych Zaolszewem (dawnej mieszkali tu bojarzy Szpacy). Osadzono tam Pawła i Fiedora Abramików. Właśnie od tych pierwszych osadników ten obszar zaczęto nazywać Abramikami. Kolejni osadnicy zamieszkali tu w 1722 roku.
W 1669 roku starostą brańskim został Benedykt Olszewski, który chciał się na nim jak najszybciej wzbogacić. Zaczął domagać się coraz większych danin i powinności, w tym również od wybrańców. Wybrańcami byli chłopi, którzy byli zwolnieni od wszelkich powinności, jednak w czasie wojny mieli stawać uzbrojeni w królewskiej piechocie (reforma Stefana Batorego). Olszewski posunął się do konfiskaty majątku opornych wybrańców, jednak ci wnieśli protest do sądu i sąd przyznał im rację.
W 1680 roku dwór w Bujnowie był już zapewne odbudowany, ponieważ w dniu 26 lutego przebywał w nim wojewoda podlaski i starosta brański Stefan Mikołaj Branicki. Zachowały się listy pisane właśnie stąd.
W 1691 roku przeprowadzono dokładny wykaz mieszkańców wsi dla celów podatkowych. Dowiadujemy się z niego, że we wsi mieszkało 38 osób powyżej 11 roku życia, w młynie Puchacze i wokół niego notowano 15 osób. Natomiast we dworze 5 osób. Byli to: Jakub Polkowski, Szymon Grabowiecki, Mikołaj Truskoleśny, oraz dziewka i gumienny.
Na początku XVIII wieku starostą brańskim został Jan Klemens Branicki - potężny magnat, który skupił w swym ręku wielkie dobra królewskie na Podlasiu. W Białymstoku wybudował rezydencję, miał silny garnizon wojskowy, którego nie wahał się użyć przeciw buntowniczym chłopom. Narzucał im coraz większe powinności. Sądy stawały nawet przy oczywistych dowodach po stronie Branickiego. „Nic więc dziwnego, że w okresie dalszych rządów Branickiego głucho było o jakimkolwiek zorganizowanym oporze. Trzeba było zacisnąć zęby i czekać odpowiedniego momentu. Komu wreszcie nie do wytrzymania stawał się ucisk administracji Branickiego ten rzucał swoją rodzinną zagrodę i uchodził w inne okolice”.
W drugiej połowie XVIII wieku starostami brańskimi (od 1752) zostali Starzeńscy -protegowani Branickich. Dzierżawili te ziemie do końca istnienia Rzeczpospolitej. Za ich czasów dawało się we znaki ludności chłopskiej zabieranie ziemi na nowe folwarki. Głównie grunty zabierano wybrańcom, ale też do folwarków włączano także łąki, do tej pory wspólnie użytkowane przez całe wsie. Dodatkowo zakazano chłopom korzystania z lasów królewskich. Na tym tle dochodziło nieraz do krwawych konfliktów między chłopami i strażą leśną z ramienia starostów. Starzeńscy wprowadzili też przymusowy najem. Chodziło o spław zboża do Gdańska. Każda gromada wiejska musiała dostarczyć odpowiednią ilość mężczyzn do pracy przy spławie zboża za niskie zarobki. Za niewykonanie zadania lub zbiegostwo karę ponosiła cała gromada wiejska. Dotkliwy był też dla mieszkańców starostwa brańskiego przymus propinacji, czyli nakaz kupowania alkoholu w dworskiej karczmie. Chłopi królewscy z tego starostwa mieli pradawne prawo ważenia piwa i pędzenia wódki na własne potrzeby z okazji różnych ważnych wydarzeń takich jak: chrzciny, wesela, stypy. Starzeńscy nie przestrzegali tego prawa. Starzeńscy nie mieli takiej pozycji jak Branicki i sądy zostały zasypane skargami na ich poczynania. Sprawy ciągnęły się przez kilkanaście lat i z reguły sąd referendarski stawał po stronie Starzeńskich - mieli oni dobrych adwokatów. Nadal dochodziło do starć między służbą starosty i chłopami, skarżono się na pobicia. Do tego doszły sprawy nowych pomiarów gruntów, gdyż stare pochodziły jeszcze z XVI wieku. W wyniku pracy geometrów niekorzystnej dla mieszkańców wsi, z całą surowością zabierano chłopom grunty lub też domagano się zwiększonych czynszów i powinności i to za wiele lat wstecz.
Geometra Starzeńskich, Stanisław Wojnicz wykazywał, że wieś Bujnowo oraz osada Puchacze nieprawnie użytkowała znaczne grunty folwarczne. W 1782 roku nakazano nawet zlikwidowanie osady Abramiki z 7 gospodarstwami, jednak do tego nie doszło. W zamian oddawano chłopom grunty ze wsi Malesze.
Mimo tego wszystkiego ówczesne Bujnowo było głównym dworem starosta brańskiego. To właśnie tutaj znajdowała się kancelaria całego starostwa brańskiego. Ówcześnie w Bujnowie istniała również karczma i mały browar. Na te budynki przeznaczono grunty Marcina Omelianiuka i Wasila Mutianki. Podobno te budynki przetrwały do początków XX wieku.
W Bujnowie w drugiej połowie XVIII wieku nie było już młynów wodnych, były za to dwa wiatraki w Puchaczach i w Abramikach. W 1790 roku w Bujnowie notowano 23 dymy (domy), w Abramikach 6 dymów w Puchaczach 9 dymów.
W 1795 roku, kiedy to upadła I Rzeczpospolita dawne wsie królewskie stały się wsiami rządowymi. Rządzili tu Prusacy. Od 1815 roku wioska stała się wsią carską. W 1880 roku zapisano: Bujnowo - wieś i folwark rządowy, niegdy główny starostwa, a potem tak zwanego amtu brańskiego, w pobliżu rzeki Nurca, w powiecie bielskim, guberni grodzieńskiej, parafia Łubin Kościelny, niedaleko rzeki Bronki.
W okresie międzywojennym Bujnowo należało do gminy Łubin Kościelny. Większość mieszkańców stanowili prawosławni. W latach trzydziestych XX wieku Bujnowo wraz z okolicznymi przysiółkami (Abramiki, Puchacze i Łubinek) liczyły 71 domów.
Aż do końca II wojny światowej podział gruntów w tej wsi pochodził jeszcze sprzed wielu wieków. Dopiero w 1945 roku przeprowadzono scalenie gruntów wsi.
