Kiedy powstały Warpęchy Nowe trudno dokładnie stwierdzić. W XVI wieku wyróżniano już Warpęchy Stare, można więc przyjąć, że istniały też Nowe, lecz brak tej wsi w spisach podatkowych z tamtych czasów. Nie wspominają o niej również dane genealogiczne rodów dziedziczących w tej okolicy dostępne w Herbarzach. Na pewno wioska istniała w XVIII wieku, ponieważ zaznaczają ją ówczesne mapy Podlasia.

Powstała zapewne na gruntach należących pierwotnie do Warpęchowskich herbu Jasieńczyk i była zamieszkała również przez drobną szlachtę.

W 1921 roku Warpęchy Nowe liczyły 24 domy i 112 mieszkańców, w tym 3 prawosławnych. Miejscowość należała do gminy Wyszki.

We wsi Warpęchy Nowe po wkroczeniu Niemców latem 1941 roku zatrzymano osoby które współpracowały z poprzednią władzą. W dniu 15 sierpnia w tej wsi zamordowano 9 rolników z okolicznych wsi. Zwłoki zakopano w polu. Po wojnie zwłoki ekshumowano.