Nazwa Szczepany niewątpliwie pochodzi od imienia Szczepan. Mieszkał tu zapewne rycerz o tym imieniu, którego potomków nazywano Szczepanami. Zapewne pochodził ze wsi Niewono Popławy, tam notowano Szczepanowiczów. Zapewne w połowie XVI wieku jeden z nich kupił dział ziemi należący do dziedziców Niewina Borowskiego i założył nową osadę. W 1580 roku notowano osadę Borowe – Szczepany, w której dziedziczył Jan syn Wawrzyńca.

Przez następne wieki była to wioska zamieszkała przez Niwińskich. W genealogii rodu Niwińskich pojawia się zapis pod datą 1780 „Łukasz i Maciej, synowie Macieja, dziedzice części wsi Borowo-Szczepany”. Ta sama nazwa pojawia się również na ówczesnych mapach Podlasia.

 W XIX wieku zaczęto ją nazywać już Szczepany. Słownik Geograficzny z końca XIX wieku zapisał: Szczepany - wieś, powiat bielski, gubernia grodzieńska, 2 okręgu polskim, gmina Malesze, o 13 wiorst od Bielska”.

Według danych z 1921 roku istniało tu 9 domów z 53 mieszkańcami. Wioska należała do gminy Wyszki.